Las pruebas de ADN basadas en microarrays son más que correctas para variantes muy raras

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Por Matthew sparkes

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El tipo de chips utilizados en algunos pruebas de ADN para consumidores lucha por separar las mutaciones raras del ruido experimental, y es más probable que un resultado positivo para una variante genética rara que causa cáncer sea incorrecto que correcto. Sin embargo, los resultados de las variantes actuales son mejores.

Las matrices de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) son una forma más barata de mapear genomas que la secuenciación genética completa. Usando cuadrículas de cientos de miles de perlas que reaccionan a variantes genéticas específicas con colores brillantemente diferentes, estos chips pueden mapear partes de todo el genoma elegido por sus diseñadores. Son precisos para las variantes genéticas comunes del tipo que pueden rastrear la ascendencia o están relacionadas con el riesgo de diabetes tipo 2, pero con variantes genéticas más raras se vuelve mucho más difícil separar los datos del ruido.

Caroline Wright de la Universidad de Exeter, Reino Unido y sus colegas ahora han demostrado que los microarrays de SNP pueden identificar variantes comunes de dos genes relacionados con el cáncer llamados BRCA1 y BRCA2 con 99% de precisión. Pero con variantes más raras, era más probable que mostrara un falso positivo o un falso negativo que ser preciso.

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El estudio del equipo utilizó datos del UK Biobank, que comenzó a recolectar muestras de ADN para investigación de 500.000 personas en 2006. Todas estas muestras se procesan con chips SNP, pero el equipo de Wright analizó un subconjunto de casi 50.000 personas (el 55% de las cuales eran mujeres ) que también había sido probado con secuenciación genética completa.

Variantes en el BRCA los genes pueden transmitirse de cualquiera de los padres y decenas de ellos están relacionados con el cáncer. Las personas a las que se les ha dicho erróneamente que tienen variantes que causan cáncer se enfrentan a exámenes de detección adicionales y cirugías potencialmente innecesarias. Aquellos que han dicho erróneamente que no tienen las variantes genéticas pueden perder las intervenciones preventivas.

El equipo encontró que solo el 17% de las 189 personas que recibieron un BRCA Se encontró que los resultados de las pruebas de SNP tenían estas variantes mediante la secuenciación del genoma. De las 45,678 personas que el SNP dio luz verde, 65 dieron positivo. La secuenciación reveló que otras 70 personas que dieron negativo en los datos de SNP tenían una o más de las 43 variantes cancerígenas.

El equipo también investigó variantes raras entre las personas que habían presentado sus propios Resultados de la prueba de ADN de diversas fuentes al Personal Genome Project UK para investigación abierta. Solo 21 sujetos habían presentado datos de secuenciación y SNP, pero todos habían sido etiquetados incorrectamente por los chips SNP con respecto a BRCA.

Wright dice que los datos revelan que los microarrays de SNP son "extremadamente pobres" para detectar variantes genéticas raras. De hecho, para una persona individual, es más probable que un resultado positivo para una variante patógena muy rara sea falso que correcto.

Advierte que cualquier persona que dé un resultado negativo para las variantes cancerígenas en una prueba de ADN de un consumidor no debe estar segura de que su riesgo de cáncer hereditario es bajo. Tampoco deben buscar intervención médica después de un resultado positivo sin que su médico valide los datos mediante secuenciación. “Simplemente no es la tecnología adecuada para el trabajo”, dice.

La mayoría de las pruebas de ADN de los consumidores se basan en chips SNP, aunque los que se utilizan hoy en día se han beneficiado de varios años de investigación y desarrollo adicionales en comparación con los examinados en los datos del Biobanco del Reino Unido en este estudio. Muchas empresas anuncian que sus pruebas pueden detectar BRCA variantes, pero a menudo solo buscan una pequeña cantidad de las mutaciones más comunes.

Referencia de la revista: BMJ, DOI: 10.1136 / bmj.n214

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